1.       FixPhonon

本课题组在研究中开发出一种借助分子动力学模拟来直接计算晶体声子谱的新方法。该方法在分子模拟的过程中通过观测晶体中原子的振动位移，计算其位移间的关联来直接构建动力学矩阵。所开发计算程序设计为知名开源分子动力学计算软件LAMMPS的一个模块：FixPhonon，并以开源的形式公开发行。感兴趣的科研人员可到：http://code.google.com/p/fix-phonon/下载。

2.     FixGFMD

FixGFMD是本课题组成员在前期研究工作中所开发的一个格林函数分子动力学软件，亦设计为LAMMPS的一个模块，并以开源的形式公开发行。感兴趣的科研人员可到：http://code.google.com/p/fix-gfmd下载。

3.     LatGen

这是本课题组开发的一个分子模拟计算辅助软件，用以构建各种晶体的结构文件，内置了一些常用的晶体结构类型，但用户亦可自定义晶体结构。所产生文件可直接用以LAMMPS （atom_style atomic），以及FixPhonon。原则上本程序属课题组内部软件，不提供技术支持，但感兴趣的研究人员可到：http://code.google.com/p/latgen下载。